Родился 25 января 1914 г. в г. Новороссийске. Там же окончил школу-девятилетку, а затем – железнодорожное ФЗУ (школу фабрично-заводского ученичества).
В 1932 г. перебрался в Ленинград. Два года работал токарем на Машиностроительном заводе им. К.Е.Ворошилова и Заводе мореходных инструментов. В 1934-м поступил в Высшее военно-морское училище им. М.В.Фрунзе. После его окончания служил на подводных лодках «П-2» и «Л-55».
Из аттестации 1938 г.: «Способности хорошие. Морскую подготовку имеет. На море вынослив и любит его. В морской обстановке ориентируется хорошо. Волевые качества хорошие и командирские навыки есть. Взаимоотношения с товарищами хорошие. Тактичен, пользуется авторитетом».
В 1941 г. П.К.Долголенко стал старшим лейтенантом, а через год получил назначение на должность помощника командира «Щ-408».
Петр Кондратьевич был женат на Раисе Дмитриевне Долголенко. У них был сын Александр.